פורץ שפת דרך ושחפת ד"ר -TB פתרון אבחון על ידי #MACRO & MICRO -Test!

כלי נשק חדש לאבחון שחפת וגילוי עמידות לתרופות: רצף ממוקד דור חדש (TNGs) בשילוב למידת מכונה לאבחון רגישות יתר לשחפת

דו"ח ספרות: CCA: מודל אבחוני המבוסס על TNG ולמידת מכונה, המתאים לאנשים עם פחות שחפת חיידקים ודלקת קרום המוח השחפת.

כותרת התזה: רצף הדור הבא של השחפת ולמידת מכונה: אסטרטגיית אבחון רגישות במיוחד לצינורות ריאתי פועלים ודלקת קרום המוח הצינורית.

כתב עת: 《קליניקה צ'ימיקה אקטה》

אם ： 6.5

תאריך הפרסום: ינואר 2024

בשילוב עם אוניברסיטת האקדמיה הסינית למדעים ובית החולים בבייג'ינג חזה באוניברסיטה הרפואית קפיטל, קבעו מקרו ומיקרו-בדיקות מודל לאבחון שחפת על בסיס הדור החדש של שיטת טכנולוגיה של רצף ממוקד (TNGS) ושיטת למידת מכונה, שסיפקו גבוה-גבוה-גבוה. רגישות לגילוי לשחפת עם מעט חיידקים ודלקת קרום המוח השחפת, סיפקה שיטת אבחון רגישות יתר לאבחון קליני של שני סוגים של שחפת, ועזרה לאבחון מדויק, גילוי עמידות לתרופות וטיפול בשחפת. יחד עם זאת, נמצא כי CFDNA בפלזמה של המטופל יכול לשמש כסוג מדגם מתאים לדגימה קלינית באבחון TBM.

במחקר זה נעשה שימוש ב 227 דגימות פלזמה ודגימות נוזלי מוח מוחי, בהן שימשו דגימות קבוצות אבחון במעבדה כדי לבסס את מודל למידת המכונה של אבחון שחפת, ודגימות האבחון הקליני שימשו לאימות שנקבעו, ודגימות האבחון הקליני מודל אבחון. כל הדגימות ממוקדות לראשונה על ידי מאגר בדיקות לכידת ממוקד במיוחד עבור Mycobacterium tuberculosis. לאחר מכן, בהתבסס על נתוני רצף TNGS TNGS, מודל עץ ההחלטה משמש לביצוע אימות צולב פי 5 על מערכות האימונים והאימות של תור האבחון במעבדה, וספי האבחון של דגימות פלזמה ודגימות נוזלים מוחיים. הסף המתקבל מובא לשתי קבוצות בדיקות של תור אבחון קליני לגילוי, וביצוע האבחון של הלומד מוערך על ידי עקומת ROC. לבסוף התקבל מודל האבחון של שחפת.

איור 1 תרשים סכמטי של עיצוב מחקרי

תוצאות: על פי הספים הספציפיים של מדגם ה- DNA של CSF (AUC = 0.974) ומדגם CFDNA בפלזמה (AUC = 0.908) שנקבע במחקר זה, בין 227 דגימות, הרגישות של מדגם CSF הייתה 97.01%, הספציפיות הייתה 95.65%ורגישות. הרגישות והספציפיות של מדגם הפלזמה היו 82.61% ו- 86.36%. בניתוח של 44 דגימות מזווגות של CFDNA בפלסמה ו- DNA נוזל מוחי מחולי TBM, לאסטרטגיית האבחון של מחקר זה יש עקביות גבוהה של 90.91% (40/44) ב- CFDNA פלזמה ונוזל מוחי -שדרתי, והרגישות היא 95.45% (42/44). אצל ילדים עם שחפת ריאתי, אסטרטגיית האבחון של מחקר זה רגישה יותר לדגימות פלזמה בהשוואה לתוצאות גילוי ה- Xpert של דגימות מיץ קיבה מאותם חולים (28.57% לעומת 15.38%).

איור 2 ביצועי ניתוח של מודל אבחון שחפת לדגימות אוכלוסייה

איור 3 תוצאות אבחון של דגימות מזווגות

מסקנה: במחקר זה הוקמה שיטת אבחון רגישות יתר לשחפת, שיכולה לספק כלי אבחוני לרגישות לגילוי הגבוהה ביותר לחולים קליניים עם שחפת אוליגובצילרית (תרבות שלילית). איתור שחפת רגישות יתר על בסיס CFDNA בפלסמה עשוי להיות סוג מדגם מתאים לאבחון שחפת פעילה ודלקת קרום המוח השחפת (קל יותר לדגימות פלזמה מאשר נוזל מוחי לחולים שנחשדים בשחפת מוחית).

קישור מקורי: https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/s0009898123004990? דרך%3dihub

מבוא קצר של מוצרי גילוי של סדרת שחפת מאקרו ומיקרו-מבחן

לאור מצב הדגימה המסובך של חולי שחפת וצרכים שונים, מבחן Macro & Micro-Test מספק מערך שלם של פתרונות NGS למיצוי נוזלים מדגימות כיח, בניית ספריית קוואלקום ורצף וניתוח נתונים. המוצרים מכסים אבחנה מהירה של חולי שחפת, גילוי עמידות לתרופות של שחפת, הקלדת שחפת Mycobacterium ו- NTM, אבחון רגישות יתר של שחפת שלילית חיידקים ואנשים שחפת וכו '.

ערכות גילוי סדרתיות לשחפת ומיקובקטריה:

פריט מספר	שם המוצר	תוכן בדיקת מוצרים	סוג לדוגמא	מודל ישים
HWTS-3012	סוכן שחרור לדוגמא	משמש בטיפול נוזלי בדגימות כיח, השיג מספר רשומה מהשורה הראשונה, ציוד מכונות Sutong 20230047.	כיח
HWTS-NGS-P00021	ערכת גילוי כמות Qualcomm לשחפת רגישות יתר (שיטת לכידת בדיקה)	גילוי רגישות יתר לא פולשנית (ביופסיה נוזלית) עבור שחפת ריאות-שלילית חיידקים ושחפת ריאה וגושים מוחיים; הדגימות של אנשים החשודים נדבקו בשחפת או במיקובקטריה ללא שחפת, נותחו על ידי מטגנומיקה של רצף בעומק גבוה, ומידע הגילוי האם האם שחפת או מיקובקטוזיה לא נדבקו ומידע עמידות ראשונה של התנגדות ראשונה של שפת השחפת השחפתית של שפת השחפת הראשית של שפת השחפת הראשית של שפת השחפת הראשית מהתרופה הראשונה מה- Mycobacteris trucobactrosis. סופקו.	דם היקפי, נוזל שטיפה alveolar, הידרוטורקס ויימת, דגימת ניקוב מיקוד, נוזל מוחי.	דור שני
HWTS-NGS-T001	ערכת הקלדת Mycobacterium ועמידות עמידות לתרופות (שיטת רצף הגברה מרובה)	מבחן הקלדת mycobacterium, כולל MTBC ו- 187 NTM；גילוי עמידות לתרופות של שחפת Mycobacterium מכסה 13 תרופות ו -16 אתרי מוטציה ליבה של גנים עמידות לתרופות.	כיח, נוזל שטיפה alveolar, Hydrothorax ויימת, מדגם ניקוב מיקוד, נוזל מוחי.	הפלטפורמה הכפולה של הדור השני/השלישי

הדגשים: HWT

מבוא מוצר

המוצר מבוסס על התרופות העיקריות לשורה הראשונה והקו השנייה המתוארות בהנחיות הטיפול בשחפת של ארגון הבריאות העולמי, מקרולידים ואמינוגליקוזידים המשמשים בדרך כלל בהנחיות הטיפול ב- NTM, ואתרי ההתנגדות לתרופות מכסים את כל הקבוצה האחת של אתרים הקשורים לתרופות באתרים אשר קטלוג המוטציה המורכב של Mycobacterium Tuberculosis, כמו גם גנים אחרים של עמידות לתרופות ואתרי מוטציה על פי החקירה והסטטיסטיקה של ספרות עם ציון גבוה בבית ומחוצה לה.

זיהוי הקלדה מבוסס על זני ה- NTM המסוכמים בהנחיות ה- NTM שפרסמו כתב העת הסיני לשחפת ומחלות נשימה והקונצנזוס של מומחים. פריימרים המעוצבים יכולים להעצים, לרצף ולהעיר יותר מ- 190 מינים NTM.

באמצעות טכנולוגיית הגברת PCR ממוקדת של PCR, הוגברו הגנים הגנוטיפיים והגנים העמידים לתרופות של Mycobacterium על ידי PCR מרבב, ושילוב AMPLICON של גני יעד שיש לאתר. ניתן לבנות את המוצרים המוגברים לספריות רצף מהדור השני או מהדור השלישי, וכל פלטפורמות הרצף של הדור השני והדור השלישי ניתן להעביר רצף מעמיק גבוה כדי להשיג את מידע הרצף של גני יעד. על ידי השוואה עם המוטציות הידועות הכלולות במאגר הייחוס המובנה (כולל קטלוג המוטציה המורכבת של Tuberculosis Mycobacterium ויחסו עם עמידות לתרופות), נקבעו המוטציות הקשורות להתנגדות לתרופות או לרגישות של תרופות נגד שחפת. בשילוב עם תמיסת הטיפול בדגימת כיח עצמית של מקרו ומיקרו-בדיקה, הבעיה של יעילות הגברה של חומצה גרעין נמוכה של דגימות כיח קליניות (גבוהה פי עשרה מזו של שיטות מסורתיות) נפתרה, כך שניתן יהיה לגילוי רצף עמידות לתרופות מיושם ישירות על דגימות כיח קליניות.

טווח גילוי מוצרים

34גנים הקשורים לעמידות לתרופות של18תרופות נגד שחפת6התגלו תרופות NTM, כיסוי297אתרי התנגדות לתרופות; עשרה סוגים של שחפת mycobacterium ויותר מ190סוגים של NTM התגלו.

טבלה 1: מידע על 18+6 תרופות+190+NTM

יתרון מוצר

יכולת הסתגלות קלינית חזקה: ניתן לאתר ישירות את דגימות הכיח באמצעות חומר לניתוק עצמי ללא תרבות.

הפעולה הניסיונית היא פשוטה: הסיבוב הראשון של פעולת ההגברה הוא פשוט, ובניית הספרייה הושלמה תוך 3 שעות, מה שמשפר את יעילות העבודה.

הקלדה מקיפה ועמידות לתרופות: כיסוי אתרי ההקלדה והתנגדות לתרופות של MTB ו- NTM, שהם נקודות המפתח של הדאגה הקלינית, הקלדה מדויקת וגילוי עמידות לתרופות, תמיכה בתוכנת ניתוח עצמאית ויצירת דוחות ניתוח בלחיצה אחת.

תאימות: תאימות למוצר, התאמה לפלטפורמות ILM ו- MGI/ONT המיינסטרים.

מפרט מוצר

קוד מוצר	שם המוצר	פלטפורמת איתור	מפרט
HWTS-NGS-T001	ערכת הקלדת Mycobacterium ועמידות עמידות לתרופות (שיטת הגברה מרובה)	Ont 、 Illumina 、 Mgi 、 Salus Pro	16/96RXN